Pada babak kedua kedua tim saling memperagakan permainan menyerang. Namun hingga menit akhir ternyata mereka hanya mampu bermain imbang 2-2 dan akan dilanjutkan kembali dengan perpanjangan waktu 2x15 menit.

Memasuki babak kedua Persija lebih banyak berani menekan pertahanan Persipura yang digalang Mauli Lessy dan Jack Komboy. Ismed Sofyan juga lebih berani dengan melakukan serangan melalui sektor kanan yang dikuasainya.

Akhirnya, pada menit ke-55 Persija Jakarta kembali unggul melalui gol yang dilesakkan oleh Francis Wewengkang yang berdiri bebas tanpa mendapat pengawalan dari pemain belakang Persipura setelah mendapat umpan dari Roger Batoum dari sisi kiri pertahanan Persipura.

Ketinggalan 1-2 membuat semangat bertanding yang para pemain Persipura terlihat menurun dan tidak seperti pada babak pertama. Mereka hanya memanfaatkan kesalahan yang dilakukan oleh pemain Persija.

Persija sebenarnya berpeluang memperbesar skor setelah Mulki, pemain yang masuk menggantikan Cabanas ini bernasil menusuk hingga pertahanan Persipura namun berhasil digagalkan barisan pertahanan.

Pada menit ke-82 Mutiara Hitam Persipura Jayapura berhasil menyamakan kedudukan menjadi 2-2 melalui sundulan kepala Korinus Fingkreuw yang masuk menggantikan Boaz Solossa setelah menerima umpan melalui tendangan sudut yang dilakukan oleh Ivakdalam.

Dengan adanya gol itu kembali kedua tim saling memperagakan serangan-serangan yang cukup berbahaya. Namun hingga menit akhir pertandingan kedudukan 2-2 tersebut tidak bisa berubah sehingga akan diadakan perpanjangan waktu 2x15 menit untuk menentukan pemenang yang akan menggondol Piala Presiden.