Membengkaknya peserta Liga Indonesia XII yang berada di Divisi I maupun Divisi II membuat PSSI harus menambah jumlah wilayah. Divisi I berubah menjadi empat wilayah, sedangkan Divisi II menjadi 8 wilayah.

Pada Divisi I jumlah peserta menjadi bengkak dari 30 tim musim lalu (plus tiga klub Aceh, yakni PSBL Langsa, Persiraja Banda Aceh dan PSSB Bireun yang mendapatkan dispensasi karena bencana Tsunami) menjadi 36 tim. Sehingga masing-masing grup diisi sembilan klub. Begitu juga dengan Divisi II yang dibagi delapan wilayah karena diikuti 48 klub (tiap grup diisi enam klub).

Menurut Andi Darussalam Tabusalla, direktur eksekutif BLI, penambahan wilayah itu bukan semata-mata karena membengkaknya jumlah peserta. Tapi, juga disebabkan dari PSSI sendiri yang menginginkan agar semua kompetisi sepak bola nasional bisa rampung sesuai jadwal. Dari rencana menggelar Divisi I dan Divisi II pada Februari, diharapkan bisa selesai paling lambat Juli.

Hal ini juga menyesuaikan kalender World Cup 2006 di Jerman yang berlangsung pada bulan itu juga. Selain itu juga masih ada even Asian Games di Doha, Qatar. Dengan selesai lebih cepat, maka juga memberikan waktu yang cukup bagi timnas Indonesia untuk mempersiapkan diri.

Djoko Driyono, direktur kompetisi BLI, mengatakan bahwa mengenai tiga klub asal Aceh yang mendapat dipensasi diharuskan bisa tampil dalam kompetisi Divisi I musim depan. Sebab, bila klub yang bersangkutan tidak ikut lagi status mereka dapat terancam turun ke Divisi II mengingat dispensasi hanya berlaku satu kompetisi saja.