Nahkoda tim Persiwa Wamena di Liga Indonesia 2006 masih tetap dipercayakan kepada Djoko Susilo. Djoko yang berasal dari Malang sudah tiga tahun terakhir menangani Persiwa, sehingga mengenal betul karakter dan materi tim tersebut. Lewat sentuhannya, Persiwa berhasil promosi ke Divisi Utama.

Dalam menghadapi musim kompetisi mendatang, tim berjuluk Badai Pengunungan Tengah ini juga akan menggelar Training Center (TC) di Malang. Manager Persiwa, Jhon R Banua menjelaskan bahwa sesuai rencana Kamis (10/11) tim Persiwa akan berangkat ke Malang. Mereka terdiri dari sekitar sepuluh pemain yang berada di Wamena. Sementara itu latihan resmi menurut rencana akan dimulai 11 November 2005. Latihan akan diikuti oleh sejumlah pemain asing dan beberapa pilar lokal yang sudah lebih dulu ke Malang.

Pada musim kompetisi lalu, Persiwa juga mengadakan TC di Malang, dan diperkuat beberapa pemain asal Malang seperti Nasrul Haryono, Edy Samroni dan Tutug Widodo. Keuntungan menggelar TC di Malang adalah mudahnya mencari tim latih tanding yang tersebar di Jatim, Jateng,dan Yogyakarta. Saat ini, dua pemain pilar Persiwa belum bergabung dengan tim yaitu Ricardo Salampessy, dan Pieter Rumaropen yang tengah bergabung dengan Timnas U23/SEA Games Manila.