Menurut rumor yang berkembang format Copa Indonesia akan digantikan dengan Piala Super yang hanya mempertandingkan tim-tim terbaik di Divisi Utama saja. Namun demikian, PT HM Sampoerna selaku sponsor utama dari Copa Indonesia akan melakukan pembahasan dengan PSSI menyangkut penyelenggaraan turnamen ini musim mendatang.

Berdasar keterangan dari manajer event PT HM Sampoerna, Fifi Suksesti, pihaknya belum menerima kabar bahwa PSSI akan mengganti format Copa dengan Piala Super. Pihaknya akan membahas bersama PSSI. Pejabat Ketua Umum PSSI, Agusman Efendi menegaskan pihaknya baru saja menyelesaikan persiapan Liga Indonesia 2006, sehingga belum menyiapkan kompetisi lainnya, terutama Piala Indonesia. Namun sebelumnya, PSSI sudah mengumumkan adanya perubahan format pelaksanaan Copa Indonesia menjadi Piala Super.

Jika Piala Indonesia melibatkan seluruh tim dari tiga divisi (Divisi Utama, I dan II), pada Piala Super pesertanya terbatas hanya 16 tim, yakni delapan besar Divisi Utama dan delapan besar Divisi I. Untuk membahas hal tersebut menjadi tugas dari Badan Liga Indonesia yang akan menyampaikannya dengan pihak sponsor.