Sebagai konsekuensi setelah melakukan barter lisensi dengan Mojokerto Putra, nama Persegi kini berubah menjadi Persegi Mojokerto dan berhome base di Mojokerto dalam mengikuti kompetisi Divisi Utama. Sementara PS Mojokerto Putra (PSMP) sendiri juga berubah menjadi Persegi Putra dalam berlaga di ajang Divisi I.

Untuk itu, Persegi harus segera mengurus perpindahan home base yang ditargetkan sudah rampung sebelum pertandingan kandang Persegi lawan Persela Lamongan, 5 Februari 2006. Lisensi divisi utama Persegi diambil alih PSMP Mojokerto, sesuai kesepakatan dalam nota kesepahaman Memorandum of Understanding (MoU).

Sebagai gantinya, PSMP harus mendanai Persegi, serta memberi pasokan dana Rp 1,75 miliar untuk Persegi yang akan menggantikan PSMP dalam berlaga di divisi satu. Selain itu, Persegi juga diberi jatah 11 pemain lokal dan tiga pemain asing.

Badan Liga Indonesia (BLI) sebelumnya menyarankan, agar Persegi tidak pindah home base, serta tidak mengganti nama. Namun nota kesepahaman antara Persegi dan PSMP menyepakati bahwa home base divisi utama Persegi harus dipindah ke Mojokerto, nama Persegi juga akan ditambah menjadi Persegi Mojokerto. Sementara lisensi divisi satu PSMP diambil alih Persegi dan berubah nama menjadi Persegi Putra.

Dengan kesepakatan ini, pengurus Persegi Mojokerto pun otomatis berubah. Posisi manajer yang semula dipegang Ketut Suardana, diambil alih Wakil Bupati Mojokerto Suandi, sementara asisten manajer yang semula dijabat Dewa Teges Wirawan diganti Pande Komang Kariawan. Selain itu, tim Persegi Putra yang berkiprah di divisi satu juga direvisi, di mana posisi manajer dipercayakan pada Ari Arsania, sementara ketua pelaksana dijabat Ketut Wijaya.