Dengan melalui berbagai pertimbangan akhirnya manajemen Persebaya Surabaya memantapkan pilihan pelatih yang akan menangani tim ini selama mengikuti kompetisi Divisi I Liga Indonesia 2006 kepada Freddy Mulli yang mampu menyisihkan saingannya, Sartono Anwar.

Ketua Umum Persebaya, Arif Afandi, mengaku cukup sulit dalam menentukan siapa yang paling layak diantara kedua nama tersebut. Keduanya memiliki catatan pelatih yang cukup bagus. Namun, setelah menerima banyak masukan dan pertimbangan dari berbagai elemen yang ada di Surabaya, akhirnya nama Freddy yang ditunjuk sebagai pelatih.

Menangani Persebaya, menjadi lompatan besar bagi karir Freddy Muli. Meski status Persebaya hanya tampil di divisi satu, sama sekali tak menjadikan dirinya berpikir dua kali saat menerima tawaran pelatih. Bahkan, kabarnya urusan nilai kontrak juga tak terlalu dipikirkan. Baginya, merupakan kehormatan tersendiri dipercaya menangani Persebaya yang merupakan tim dengan nama besar yang cukup disegani di seantero Nusantara.

Setelah resmi menjadi pelatih, tugas Freddy tak ringan, karena target juara Divisi I untuk promosi kembali ke Divisi Utama yang diberikan ketua umum sudah menantang. Meskipun tanda tangan kontrak belum dilakukan, tetapi kedua belah pihak sudah menemukan kata sepakat dan Freddy sendiri juga telah mengetahui target dari Ketua umum tersebut.