Pada tahun 2006 ini PSSI ingin lebih teratur dalam menyusun agendanya. Setelah Divisi Utama digulirkan dan sebentar lagi Divisi I bakal berlangsung (5 Maret), kini giliran Divisi II bakal digelar dan tengah disusun jadwalnya. Kompetisi yang kini berstatus amatir tersebut bukan lagi tanggung jawab Badan Liga Indonesia (BLI) melainkan Bidang Pembinaan PSSI. Sesuai agenda, kompetisi yang bakal diikuti 48 klub dan terbagi 8 wilayah itu akan dilangsungkan mulai akhir Maret.

Sebagai Kabid Pembinaan PSSI, Soebardi telah mengundang enam korwil (koordinator wilayah) dari seluruh Indonesia yakni Sumatera, Jawa, Kalimantan, Sulawesi, Nusa Tenggara-Bali, dan Maluku-Papua. Karena dari Divisi Utama menggelar babak playoff maka hal serupa terjadi di Divisi di bawahnya. Seperti Divisi I, playoff Divisi II akan diikuti enam klub yang terdegradasi musim lalu untuk diambil tiga tim. Tempat babak plaoy off rencananya bakal digelar di Stadion Kuningan ataupun Stadion Lebak Bulus Jakarta.

Hanya saja, mengenai waktunya Soebardi mengatakan segera ditentukan dalam managers meeting klub Divisi II pada 22 Februari mendatang di Jakarta. Sekaligus akan menentukan pembagian wilayahnya (grouping). Acuan dalam grouping berdasarkan letak geografis dari 48 klub peserta. Sehingga, meski peserta cukup banyak, kompetisi diharapkan selesai sesuai jadwal pada Juli mendatang. Perihal sponsor yang berpengaruh terhadap titel kompetisi diserahkan kepada bidang marketing dan promosi PSSI.

Untuk musim ini, kontestan kompetisi kelas tiga di Indonesia ini melonjak drastis. Musim lalu Divisi II melibatkan 24 klub dan dibagi menjadi empat wilayah. Namun, karena ada peleburan (Divisi III dihilangkan) maka kontestan meningkat hingga dua kali lipat. Bahkan, statusnya kini berubah dari non amatir menjadi amatir sehingga klub hanya boleh menggunakan pemain lokal.