Keinginan Badan Liga Indonesia (BLI) untuk menggelar turnamen bergengsi Liga Super terancam gagal. Sebab, padatnya jadwal musim kompetisi tahun ini membuat BLU sulit untuk mengatur jadwal. Di sisi lain, BLI juga dituntut untuk menyesuaikan pergerakannya dengan upaya-upaya Badan Tim Nasional (BTN) PSSI dalam mempersiapkan timnas.

Usai kompetisi Liga Indonesia, PSSI harus segera fokus untuk mempersiapkan timnas senior untuk tampil di Piala Kemerdekaan di Jakarta dan Merdeka Games di Kuala Lumpur sebagai persiapan menuju Piala Asia 2007. Piala Kemerdekaan digelar oleh PSSI untuk memperngati HUT ke-61 Kemerdekaan Republik Indonesia. Turnamen yang digelar pertengahan Agustus ini juga dimaksudkan sebagai persiapan menuju Piala Asia 2007, sebab tim-tim yang diundang adalah peserta putaran-final Piala Asia itu.

Total ada tiga event yang rencananya diwujudkan musim kompetisi 2006 ini, yaitu Liga Indonesia 2006, Copa, dan Liga Super atau disebut juga Piala Super. Liga Super akan digelar seusai Liga Indonesia 2006, yakni antara Agustus dan September.

Piala Super ini direncanakan akan diikuti delapan tim terbaik dari Divisi Utama serta delapan tim terbaik Divisi I. Belakangan ada rencana untuk melibatkan pula dua atau empat tim terbaik dari Divisi II, yang tahun ini mulai bersifat non-amatir. Pemenang dari Liga Super ini akan memproleh hadiah utama sebesar Rp 2,5 miliar disamping subsidi Rp 1 miliar untuk tampil di Liga Champions Asia 2007.

Penghargaan untuk tim terbaik Liga Super ini dua kali lipat dari hadiah untuk juara Liga Indonesia 2006, yakni Rp 1 miliar ditambah subsidi Rp 1 miliar untuk keikutsertaan mereka di Liga Champions Asia 2007.