Manajer Kompetisi Badan Liga Indonesia Joko Driyono menetapkan tanggal 10 Mei 2006 sebagai awal turnamen Copa Indonesia 2006. Turnamen dimulai dengan babak pendahuluan, diikuti enam klub Divisi I dan enam klub Divisi II. Namun, ia belum dapat mengungkapkan 12 klub peserta babak pendahuluan itu.

Babak pendahuluan berlangsung 10-15 Mei 2006, dengan mempertemukan klub Divisi I dan Divisi II, dengan klub Divisi II sebagai tuan rumah. Enam pemenang lolos ke babak II. Selain enam tim tersebut, babak II diikuti 58 klub dari Divisi Utama dan Divisi I. Seluruh tim yang berlaga di babak tersebut adalah 64 klub.

Menurut rencana, 64 tim yang berlaga di babak II akan dibagi ke dalam empat zona. Sistem pertandingan yang digunakan adalah partai kandang dan tandang (home and away) dengan kemenangan agregat seperti Liga Champions. Sebanyak 32 tim yang lolos dari babak II maju ke babak 32 besar, lalu 16 tim pemenang ke babak 16 besar, dan delapan tim pemenang ke babak 8 besar.

Joko mengatakan, babak final dijadwalkan 17 September 2006. Turnamen ini akan dibuka dengan pertandingan ekshibisi antara Arema Malang dan Persipura Jayapura. Pihaknya telah memperkirakan agar pertarungan di Copa tidak akan mengubah jadwal kompetisi Divisi Utama. Tetapi, untuk Divisi I, mungkin ada satu-dua penyesuaian.