Persiba Bantul akan mengawali kiprahnya dalam Copa Indonesia 2006 mengadapi Persiku Kudus. Berdasarkan hasil drawing Copa Indonesia 2006 yang diselenggarakan, Sabtu (29/4), di Hotel Sangrila Jakarta. Ajang ini mempertandingkan 70 kesebelasan dari Divisi Utama hingga Divisi II Liga Indonesia.

Apabila Persiba mampu mengatasi Persiku maka skuad Rully Nere akan berhadapan dengan tim tetangga PSIM Yogyakarta. Dengan catatan jika PSIM berhasil mengkandaskan Persikad Depok. Sementara, jadwal laga Persiba melawan Persiku berdasarkan hasil technical meeting kemungkinan akan dilangsungkan tanggal 14 Mei.

Berdasarkan rancangan yang disusun Badan Liga Indonesia (BLI), ajang Copa Indonesia 2006 ini akan digelar dalam tujuh babak. Pada babak pertama, akan diikuti enam tim Divisi II dan enam tim Divisi I, dalam satu kali pertandingan dengan kandang dari klub Divisi II.

Selanjutnya, babak kedua atau 32 besar diikuti 64 klub dengan pertandingan kandang dan tandang memakai sistem aggregat gol seperti liga champion Eropa. Untuk pembagian klub,berdasarkan empat zone di babak 32 besar dengan dilaksanakan drawing terlebih dahulu. Selanjutnya dilaksanakan drawing kedua untuk babak ketiga atau 16 besar dan drawing ketiga di babak delapan besar.

Sementara, pertandingan final direncanakan tanggal 17 September 2006. Sedangkan hadiah ajang yang disponsori Djisamsoe ini sebesar Rp 2 Milyar.