Perseteruan antara pengurus Persija Jakarta dengan Gubernur DKI Jakarta Sutiyoso yang juga pembina klub berjuluk Macan kemayoran tersebut semakin runcing saja. akibat itu, pihak Persija memutuskan untuk cabut keterikatan kontrak kerjasama mereka dengan Pemprop DKI menyusul pernyataan tidak lazim yang dilontarkan Sutiyoso kepada para pengurus.
 
Menurut info yang beredar, Sutiyoso menuding kegagalan Persija disebabkan pengurus-pengurusnya adalah preman yang hanya mencari makan saja dari pemda. Pernyataan ini ternyata tidak bisa diterima begitu saja oleh pengurus Persija. Mereka mengaku sangat kecewa dengan ucapan Sutiyoso yang notabene adalah orang yang paling mendukung perjuangan Macan Kemayoran.

Pencabutan keanggotaan Persija tersebut, lanjutnya, selain sebagai bantahan atas tudingan Sutiyoso, juga karena berakhirnya Liga Indonesia 2006.Pengurus menghendaki tidak boleh ada lagi tim dari pemprov yang menggunakan nama Persija, sebab mereka akan mencari sponsor lain.

Kuasa hukum Persija, Victor Sitanggang mengatakan saat ini mereka tengah melakukan pendekatan dengan pihak sponsor. Dalam hal ini, apabila jadi lepas dari Pemprop DKI, Persija akan menjelma menjadi klub yang berbasis swasta dan tidak memiliki keterikatan dengan pihak manapun.