Mundurnya PSIM Yogyakarta dari roda kompetisi Divisi Utama pada saat terjadinya gempa 27 Mei 2006 lalu yang meluluhlantahkan sebagian wilayah Yogyakarta ini menimbulkan berbagai macam polemik tersendiri, yang salah satunya adalah dugaan penyelewengan pengelolaan dana APBD 2006.

Akibatnya, pihak PSIM menuai kritik keras terkait masalah administrasi keuangan Rp8.867.400.000. Pengelolaan dana APBD 2006 untuk mendukung PSIM dinilai menyimpang dari ketentuan administrasi. Sesuai tatakelola administrasi keuangan, seharusnya anggaran dana dicairkan dalam tempo waktu tujuh kali. Akan tetapi dana tersebut justru sudah dicairkan dalam tempo tiga bulan.

Dengan mundurnya PSIM dari kompetisi tersebut, seharusnya anggaran dana masih sisa Rp1.080.000.000 untuk pertandingan enam kali (empat kali pertandingan tandang dan dua kali pertandingan kandang), selama periode Juni dan Juli. Namun, yang terjadi dana tersebut sudah habis terpakai dan dari laporan keuangan sementara, manajemen PSIM justru mengalami defisit keuangan sebesar Rp 49.457.654.

Sementara itu, salah satu anggota DPRD Kota Yogyakarta dari Fraksi Partai Keadilan Sejahtera (FPKS), Ardiyanto, mengatakan, pihaknya mendesak dilakukan audit terhadap pengelolaan anggaran tersebut untuk dilakukan oleh Badan Pemeriksa Keuangan.

Untuk persiapan menjelang Liga Indonesia 2007, PSIM meminta anggaran Rp 1.860.000.000. Namun menurut Ardiyanto seharusnya anggaran tahun 2007 tinggal menambah kebutuhan dana yang sudah ada.